OpenAI, bilim insanlarının araştırma süreçlerini daha düzenli ve bağlantılı şekilde yürütebilmesi için Rosalind Workbench adlı yeni çalışma ortamını duyurdu. Sistem; bilimsel verilerin incelenmesi, özel araçların kullanılması ve analiz süreçlerinin aynı araştırma sorusu etrafında yürütülmesini amaçlıyor.
Rosalind Workbench, ChatGPT uygulaması üzerinden araştırma önizlemesi olarak erişime açıldı. Platform, özellikle yaşam bilimleri alanında çalışan araştırmacıların farklı bilimsel araçlar ve veri kaynakları arasında geçiş yapmadan çalışmalarını sürdürebilmesini hedefliyor.
Veri, analiz ve kanıt aynı ortamda buluşuyor
Bilimsel araştırmalarda verilerin farklı sistemlerde tutulması, analizlerin ayrı araçlarda gerçekleştirilmesi ve deney sonuçlarının nasıl elde edildiğinin takip edilmesinin zorlaşması araştırma sürecini yavaşlatabiliyor.
OpenAI’nin geliştirdiği Rosalind Workbench, bu parçaları tek bir çalışma ortamında bir araya getirmeyi hedefliyor. Araştırmacılar bir bilimsel soruyla başlayarak ilgili araçları kullanabiliyor, ara sonuçları inceleyebiliyor ve elde edilen kanıtları araştırma süreciyle birlikte takip edebiliyor.
Platform ayrıca kullanıcıların hazır yönlendirmeli görevlerden başlamasına ve bu görevleri kendi verileri, yöntemleri ve araştırma hedeflerine göre uyarlamasına olanak tanıyor.
GPT-Rosalind temelinde çalışıyor
Rosalind Workbench, OpenAI’nin yaşam bilimlerine odaklanan GPT-Rosalind modelinden yararlanıyor. Model; ileri düzey akıl yürütme yeteneklerini, ilaç kimyası, genomik, laboratuvar desteği ve diğer bilimsel uygulamalara yönelik özel araçlarla birleştiriyor.
OpenAI, ilerleyen dönemde farklı bilimsel alanlarda çalışan ajanların birlikte hareket ettiği sistemler oluşturmayı hedeflediğini belirtiyor. Böylece araştırmacıların daha geniş bir uzmanlık alanına erişebilmesi ve daha kapsamlı bilimsel sorular üzerinde çalışabilmesi amaçlanıyor.
Moleküler yapılardan genomik analizlere
Rosalind Workbench kapsamında araştırmacılara farklı bilimsel görevler sunuluyor. Bunlar arasında protein tasarımı, küçük molekül tasarımı, güvenlik ve geliştirilebilirlik, yapı ve dizi analizleri, genomik ve patoloji ile deneysel doğrulama gibi alanlar bulunuyor.
Örneğin sistem, GLP1R proteininin semaglutid ile oluşturduğu kompleksin yapısını incelemek için kullanılabiliyor. Araştırmacı, moleküler görüntüleyiciyle etkileşime girerek yapıdaki özellikleri inceleyebiliyor ve protein kompleksindeki önemli noktaları gösteren görseller oluşturabiliyor.
Rosalind Workbench’teki bilimsel görüntüleyiciler sayesinde veri ile analiz aynı konuşma içerisinde incelenebiliyor. Araştırmacılar gördükleri sonuçlarla ilgili ek sorular sorabiliyor ve bu gözlemleri analiz süreciyle bağlantılı şekilde sürdürebiliyor.
RNA-seq ve dizileme analizleri de destekleniyor
Platformun dikkat çeken bölümlerinden biri de genomik çalışmalar için sunulan Rosalind NGS Workbench.
Dizileme analizlerinde araştırmacıların dosyaları doğru meta verilerle eşleştirmesi, veri kalitesini değerlendirmesi, uygun biyolojik tekrarları belirlemesi ve doğru istatistiksel tasarımı seçmesi gerekiyor.
Rosalind NGS Workbench, bu adımları birbirine bağlayan ve araştırmacının inceleyebileceği bir süreç oluşturuyor.
FASTQ verilerinden kalite kontrolüne, bulk RNA-seq analizlerinden tek hücre analizlerine kadar farklı aşamalar tek bir iş akışı içerisinde ele alınabiliyor. Sistem önce bir plan hazırlıyor, araştırmacının onayının ardından seçilen araçları koordine ediyor ve sonuçları takip edilebilir şekilde sunuyor.
İki farklı çalışma modu bulunuyor
Rosalind Workbench içerisinde ChatGPT ajanı için iki farklı kullanım modu sunuluyor.
Explore Mode, genel bilimsel sorular sormak ve fikirleri keşfetmek için kullanılabiliyor.
Research Mode ise daha karmaşık biyolojik sorular, kapsamlı analizler ve gelişmiş araştırma iş akışlarına odaklanıyor. OpenAI’ye göre doğrulanmış kuruluş üyeleri bu mod için kuruluşları adına erişim talep edebiliyor. Bireysel erişimin ise ilerleyen dönemde sunulması planlanıyor.
Amaç araştırmacının iş akışını sadeleştirmek
OpenAI, Rosalind Workbench’in temel amacını araştırma sürecindeki kopuklukları azaltmak olarak tanımlıyor.
Araştırma sorusunun, kullanılan araçların, analizlerin ve elde edilen kanıtların aynı ortamda tutulması, bilim insanlarının bir sonucun nasıl ortaya çıktığını daha kolay takip etmesine ve sonraki araştırma adımına geçerken bağlamı yeniden oluşturmak zorunda kalmamasına yardımcı olmayı amaçlıyor.
Rosalind Workbench şu anda ChatGPT uygulaması üzerinden araştırma önizlemesi kapsamında sunuluyor.
